Die Geschichte des Mauermuseums geht zurück auf eine Ausstellung in einer Wohnung in der geteilten Bernauer Straße. Aufgrund des hier erzielten Erfolges wurde schon ein Jahr später, 1963, das Haus am "Checkpoint Charlie", dem bekanntesten Grenzübergang Berlins, eröffnet. Hier, direkt vor der Grenze formierte sich von diesem Zeitpunkt an Widerstand gegen das DDR-Regime. Fluchthelfer konnten durch ein kleines Fenster die Bewegungen an der Grenze beobachten, Geflüchtete fanden eine Zuflucht, Fluchtpläne wurden geschmiedet. Vor allem aber waren immer neue Ausstellungen zu sehen, die sich mit der Berliner Mauer und mit dem gewaltlosen Kampf für Menschenrechte auseinandersetzten. Zu den sehenswertesten Ausstellungsstücken zählen heute unter anderem eine zur Flucht umgebaute Isetta, die Schreibmaschine der "Charta 77" oder die 50 Meter lange weiß-blau-rote Fahne, hinter der sich die Bürger Moskaus 1991 während der "Drei Tage im August" scharten und einen Putschversuch der Altkommunisten gegen Präsident Gorbatschow vereitelten.

Das Mauermuseum Checkpoint Charlie hat an allen Tagen des Jahres von 9:00 bis 22:00 Uhr geöffnet.