Seit 1990 führt der Berliner Eisenbahnfreunde e.V. auf dem für den Personenverkehr ungenutzten südlichen Streckenabschnitt der Heidekrautbahn Museumsfahrten durch. Der Betrieb erfolgt teilweise mit Dampflokomotiven, Schienenbus u.a. historischen Fahrzeugen ab dem provisorischen Haltepunkt Märkisches Viertel am Wilhelmsruher Damm, der unweit des ehemaligen Bahnhofs Berlin-Rosenthal gelegen ist. Auf ihrem Betriebsgelände eröffneten die Eisenbahnfreunde im Jahr 2000 darüber hinaus in der ehemaligen Lehrlingswerkstatt des BW Basdorf das Heidekrautbahnmuseum.